他采用纪传体通史的体例，分别对南、北朝史事做贯通的叙述。他把魏（包括东魏、西魏）、北齐、北周、隋四代史事编成《北史》，起魏道武帝拓跋珪登国元年（386），至隋恭帝杨侑义宁二年（618），共二百三十二年。其实，隋已统一全国，本不应单列于北史，延寿此举可能有两点考虑，一是隋承继北周，将隋列入北史在编写上较方便，否则要在南、北两通史外再编一隋史，易给人体例混乱之感；二是将隋列入《北史》，可以突出唐统一的重大意义，为本朝政治利益服务。延寿把南朝宋、南齐、梁、陈四代史事编成《南史》，起宋武帝刘裕永初元年（420），至陈后主陈叔宝祯明三年（589），共一百六十九年。

　　正因为李延寿用通史体例叙述南、北朝史事，所以打破了朝代的断限，分别对北朝、南朝的人物、史事作归纳集中，两史的帝纪、后妃、宗室均依照朝代先后顺序排列。以下的诸臣列传则大体有先后顺序，对一些高门大户则其子孙附其父祖传中，连缀书之。《南史》以王、谢二大姓为主，《北史》以崔、卢二大姓为主，家族体系分明。其他类传更进一步打破了朝代的断限。这种作法，引起后世某些学者不满。清代修《四库全书总目》的学者认为延寿叙例为家传之体，不应用于国史。著名考据家王鸣盛批评延寿使国史变成家谱，最为谬妄。其实这些批评者有些过于拘泥正史体例，没有看到李延寿对正史作法是因循中有创造。《南史》、《北史》为数代之通史，正为断代正史之变例，是从实际情况出发的。首先，南北朝各代统治时间都不长，往往一人历经数朝，有时很难恰当把某人归入某朝，所以延寿把断代之体变为通史之体；其次，南北朝时门第之风大盛，王、谢、崔、卢等高门大族与南北朝相终始，在社会政治、经济、文化、军事等方面举足轻重，延寿注重谱牒世系是对历史的如实反映，而且世族牵连附传，便于读者检寻。

　　李延寿之《南史》、《北史》，并非简单将旧史删节、离合而成，而是尽量充实了一些新的史料。针对旧史作者重视官方资料而忽于私人记载，延寿有意把自己补充史料的重点放在“易为湮落”的“小说短书”上，他认为这些材料具有较高的史料价值。在延寿之后的著名史评家刘知几也持同样观点：“大抵偏记小录之书，皆记即日当时之事，求诸国史，最为实录。”这两位史家的看法是很有道理的，因为官方记载受种种牵制，往往不能据事直书，隐讳必多，而私家记载多记亲历之事，没有审查之类的控制，较能求其真。南、北二史和《南齐书》、《梁书》、《北齐书》、《北周书》比较，增加了不少重要的史实。就梁代史来说，《南史》比《梁书》多立了王琳等十余传，对原有的某些传也充实了内容，如《范缜传》。延寿所增内容固然有关于“人之善恶，事之成败者”，但由于延寿对奇闻异事兴趣较浓，导致所增内容中有不少神怪荒诞之事和无关宏旨的琐言碎事。如阴子春传中，《南史》就比《梁书》增：青州有神庙，刺史王神念毁之，栋上一大蛇，长丈余，遂入海。子春夜梦一人乞地安置，乃办牲醴，请召安置一处。夜梦前人来谢曰：“当以一州相报。”后果因破魏兵，授南青州刺史。此类怪诞事入史，显然失当。

　　宋、齐、梁、陈、魏、北齐、周、隋八史共566 卷，而经延寿改作为南、北二史，减至180 卷，可见删掉了相当多的文字。总的看，延寿删《魏书》、《宋书》最多，原因是这两部书在八史中原来卷帙就最多，《宋书》100 卷，《魏书》更达130 卷，延寿欲省减南、北史篇幅，宋、魏二书必为砍削重点。另外，宋、魏二书为前朝人所修，南、北朝相互攻击之辞甚多，延寿作史目的之一即是纠正此弊，斧削起来又不必有得罪本朝史官的顾忌。延寿所删多为诏诰、符檄、章表，认为重要者则以简略语言概括之，意图简净。另一删削重点为南、北征战攻伐之事，这是因为延寿深知，原来各史关于战争记载多不实，夸胜讳败已为作史者惯例，延寿在此时一一核定战争胜败之迹实非易事，所以多删去。

　　对原有八史中相当一部分内容，延寿并不随意改动，只要是他认为合适的内容，则或全抄旧文，或离合编排。特别是对《陈书》、《隋书》，延寿基本上无大的增删改动。如《北史》中隋文帝、炀帝、恭帝纪论全录自《隋书》，仅《文帝纪》开头一句“龙德在田，奇表见异”，改为“树基立本，积德累仁”。南、北二史和八史各有千秋，相辅相成，对于后人了解这一历史时期来说都各自具有不可替代的长处，所以后世学者大都把南、北史和八史对照起来读，互为补充。 李延寿修史思想的核心即是“以史为鉴”，这同唐初官修史书的主导思想是相一致的，但延寿的特点在于，他善于选择一些细小而又富有典型性的事件、情节来表达出自己的思想，这当然得益于他重视“小说短书”的独特眼光和更勘杂史一千余卷的勤奋劳动，史书因此也增加了趣味性。对于某人行为不单靠直接叙述，而是通过他人的谈话来显示，也易于给读者新鲜深刻印象。

　　李延寿赞成国家统一的思想倾向是很明显的，他纠正了南北分裂时期某些史书的种种狭隘偏见，力求实事求是地描述历史，不带狭隘的地域观念，有力地向读者展示出中国是一个多民族的政治、经济、文化共同体，民族团结、民族大融合的趋势是不可抗拒的。两史比较，《北史》比《南史》写得更好，因为李延寿和父亲李大师均为北方人，因此，对北朝的历史、掌故、风俗、人情都较熟悉，所能见到的史料也较多；另外，李唐起源于北朝，官方对北朝各代史的研究格外重视，客观上给创造了有利条件。所以，《北史》的记载比《南史》详明。

　　李延寿的南、北二史在普及历史知识上颇有功绩。由于卷帙不繁，易于抄写，所以得到较广泛流传，清代学者梁章钜在《退庵随笔》中就指出：自《南史》、《北史》行世以来，原有的八部正史就变得不重要了，很少有人诵习，所以时间愈久，八史阙佚愈严重。这说明南、北二史比八史更受到社会重视，更有效地传播了历史知识。后代史家对延寿曾有较高的评价，后晋人所作《旧唐书》中赞道：“李延寿研考史学，修撰删补，克成大典，方之班、马，何代无人？”宋代杰出史家司马光精研史学，博览历代史书，他在给刘道原信中感叹道：“乃知李延寿之书，亦近世之佳史也。虽于祥诙嘲小事，无所不载，然叙事简径，比于南北正史，无烦冗芜秽之辞。窃谓陈寿之后，惟延寿可以亚之也。一个有趣的现象是，李延寿当年主要是依据八史来编纂南、北二史，可是到了北宋刊印正史时，《魏书》、《北齐书》、《北周书》的一些残缺反而要靠《南史》、《北史》来补足了，可见，南、北二史在客观上还起了保存历史资料、维持八史基本完整的作用。这个贡献当然是李延寿当年未想到的。

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